scanpy官方教程2022||07-anndata对象:Getting started with anndata

源代码 2024-9-6 05:21:05 60 0 来自 中国
学习资料来源:

  • anndata主页:https://anndata-tutorials.readthedocs.io/en/latest/index.html
  • 官网:https://anndata-tutorials.readthedocs.io/en/latest/getting-started.html【注意教程有两个版本,这里是latest版本的学习笔记】
本篇教程来自Adam in 2021 and Alex in 2017.的博客内容
在本教程中,我们将介绍中心对象AnnData(“Annotated Data”)的基本属性
AnnData是专门为类似矩阵的数据设计的。这意味着我们有观测,每一个观测都可以表示为-维向量,其中每个维度对应一个变量或特征。这个矩阵的行和列都是特殊的,因为它们都有索引。
例如,在scRNA-seq数据中,每一行对应一个带有barcode的细胞,每一列对应一个带有基因id的基因。此外,对于每个细胞和每个基因,我们可能有额外的元数据,比如(1)每个细胞的供体信息,或(2)每个基因的替代基因符号。最后,我们可能有其他非结构化元数据,比如用于绘图的调色板。不需要深入了解每一个基于python的数据结构,我们认为直到今天还没有其他的替代方案存在:

  • 处理稀疏
  • 处理非结构化数据
  • 处理观察级和特性级元数据
  • 是友好的
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anndata的版本为0.8.0
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