本篇教程来自Adam in 2021 and Alex in 2017.的博客内容
在本教程中,我们将介绍中心对象AnnData(“Annotated Data”)的基本属性
AnnData是专门为类似矩阵的数据设计的。这意味着我们有观测,每一个观测都可以表示为-维向量,其中每个维度对应一个变量或特征。这个矩阵的行和列都是特殊的,因为它们都有索引。
例如,在scRNA-seq数据中,每一行对应一个带有barcode的细胞,每一列对应一个带有基因id的基因。此外,对于每个细胞和每个基因,我们可能有额外的元数据,比如(1)每个细胞的供体信息,或(2)每个基因的替代基因符号。最后,我们可能有其他非结构化元数据,比如用于绘图的调色板。不需要深入了解每一个基于python的数据结构,我们认为直到今天还没有其他的替代方案存在: