iTAK：在线预测全基因组转录因子TF，转录调节因子TR与蛋白激酶PK

开发者 · 2024-9-30 02:20:48

前言

康奈尔大学，FeiLab的一个预测工具。
iTAK 是依赖于数据库的用于从蛋白质或核苷酸序列中识别植物转录因子 (TF)、转录调节因子 (TR) 和蛋白激酶 (PK)，然后将单个 TF、TR 和 PK 分类为不同的基因家族的工具。
本人能力有限，本文可能存在描述不当与错误的地方，请仔细辨别后使用。
鉴定与依据

TFs 和 TRs 的识别和分类是基于主要从 PlnTFDB (Perez-Rodriguez et al., 2010)和 PlantTFDB [(Jin et al., 2014) 总结的一致性规则（每个基因家族的必需和禁止的蛋白质结构域），与来自 PlantTFcat (Dai et al., 2013)和 AtTFDB (Yilmaz et al., 2011)的家族使用了支持证据。
PKs的鉴定依赖于Pfam数据库中与PF00069和PF07714 的hits。鉴定到的PK通过与比较一系列的HMMs（ Lehti-Shiu MD, Shiu S-H (2012)）将其划分到不同的基因家族。
我来bici两句：iTAK发表文章中指出了两个数据库（PlnTFDB和PlantTFDB）各自的一些缺陷。plnTFDB我没用过，但是PlantTFDB在iTAK出来后是有更新的，高老师看不到这篇文章和这个工具不太可能。如果提出的问题确实存在且合理，我相信后面更新中肯定会修正的（这只是我的臆想，我的水平还不到去校对文中提到问题的水平），所以大家也不要看到iTAK发文中提到了PlantTFDB的问题就不用PlantTFDB预测TF了。
工具有没有人在用？

这个工具，我是在一个学长的毕业答辩上听来的。
我昨天在pubmed搜了下，印象比较深的是有两篇中药论文中都用到了这个工具。
另外，我在网上搜到了一家生信分析报告模板，其中就有用这个工具。
关于软件本地部署，中文中有些本地部署的流程，但不建议大家本地部署（数据库的更新依赖mysql），因为github中的数据库文件没有在线网页版的新。虽然我不更新数据库的本地部署与在线版的预测结果条数一致（具体序列ID并没有进行比较），但我还是用了在线版本的分析结果。
iTAK 1.6 在线版本主页

http://itak.feilab.net/cgi-bin/itak/index.cgi
过程

第一步：进入主页http://itak.feilab.net/cgi-bin/itak/index.cgi
不需要工具，就是网络慢点。
第二步：输入数据，选择数据类型
蛋白质序列数据，以文件形式上传或者直接粘贴FASTA格式序列。
输入数据要求与限制（≈没限制）：fasta格式，核苷酸或者蛋白序列，序列数<50k条且文件大小<100M。
第三步：填写接收数据邮箱。
虽然可以在线等，但是写个邮箱稳妥点。
如果提交成功则应该会跳转类似如下界面。

第四步：下载结果
我测试的3万多条蛋白序列，用了大概50分钟。
在线等结果或者复制邮箱中的网页链接到浏览器打开。
呈现如下结果（这里只截图了TF，TR）：
点击左上角"Download" 就可以下载所有结果。

结果文件内容

解压结果文件，层层打开文件夹PXXXXXXXXXX_output\home\kentnf\webfiles\bioinfo\itak\itak_web\itak_html\tmp\itak_online\PXXXXXXXXXX_output （这个文件夹属是有点深不可测）即可看到6个结果文件

tf_sequence.fasta

所有鉴定的TF/TR序列

tf_classification.txt

所有TF/TR的分类，tab制表符分割，包含序列的ID和各自的家族。

tf_alignment.txt

制表符分割的txt文档，包含所有鉴定到的TF/TR比对蛋白结构域数据库。

pk_sequence.fasta

所有鉴定到的PK蛋白序列。

Shiu_classification.txt

所有鉴定到的PK蛋白分类。制表符分割的txt文件，包含序列ID和相应的蛋白激酶家族。

Shiu_alignment.txt

制表符分割的txt文档，包含所有鉴定到的PK比对蛋白结构域数据库。
后话=废话

其实，这个工具我是先直接本地部署的，但是github上数据库这么久没更新，心里属实不踏实。看了下iTAK.pl ，当然是看不懂的，但是我发现了一些隐藏的选项和内容。在脚本最后的email模块发现了这个在线网址链接才知道原来还有在线版本。同时网站提供了最新数据库，但是看了下部署，竟然有用到mysql，然后直接对本地版说了拜拜。现在还没时间学习mysql。

iTAK：在线预测全基因组转录因子TF，转录调节因子TR与蛋白激酶PK

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