funkyheatmap |临床+组学+分组数据可视化“神器”，时髦的热图

程序员 · 2024-9-25 14:53:37

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临床数据一样平常是使用图表汇总Table1的方式进行展示，比方R|tableone 快速绘制文章“表一”-基线特性三线表大概 gtsummary|偶合-绘制多种数据汇总表“神器” 。
今天先容一个可视化展示方式，funkyheatmap-R包，可以为基准数据天生热图式可视化的函数，可以使用列和行的解释对其进行微调。效果如下

一载入R包，数据
起首安装funkyheatmap 包，
1）先使用mtcars 数据绘制
#devtools::install_github("dynverse/dynbenchmark/package")使用mtcars雷同的数据进行绘制即可，默认环境下绘制每一列的信息，反面就是参数修改以期到达封面图的效果。
下面使用dynbenchmark_data的数据进行具体的调试绘制。
2）载入dynbenchmark_data数据（2019 NBT ：A comparison of single-cell trajectory inference methods ）
data("dynbenchmark_data")[b]二绘制funky heatmap[/b]
想到达封面图的效果，必要一系列的设置。
[size=4][b]1 , 设置row_info 和 row_group[/b][/size]

row_info选择待展示的行（此处即为id列各种方法），此处为全部展示，[b]但是使用filter筛选想展示的行[/b]；
row_groups是行group（此处为各种方法的范例），对应下图的红框部分
row_info <-

[size=4][b]2 ，设置column_info[/b][/size]

设置列的信息，界说[b]必要展示的列[/b]以及对应的一些属性信息
column_info <- tribble( # tribble_start告急有以下几列：
group：列的分组；
id：data中的列名字；
name：图中展示的名字；
geom：聚集图形，展示方式（假如有多个属性（rect 和 text）必要展示则分为多行，如scaling_predtime）；
palette：调色板信息；
[size=4][b]3，设置column_groups[/b][/size]

将上述column_info的列，根据对应的group ，设置group的 “Category”和大一级的 Experiment 信息。
column_groups <- tribble(Experiment：group的Experiment信息（[b]下图红框[/b]）
Category：group的Category信息（[b]下图绿框[/b]）
group：列的分组（同column_info中的group）
palette：group使用何种palette
[size=4][b]4，设置 palettes[/b][/size]

设置差别palette的颜色
error_reasons <- tibble([size=4][b]5，绘制funky heatmap[/b][/size]

完成上述设置后终于可以绘制funky heatmap了
g <- funky_heatmap(

OK，如许每个患者（id）的临床信息，组学信息，分组信息，就都可以可视化展示了！
[b]参考资料：[/b]
http://funkyheatmap.dynverse.org/
http://funkyheatmap.dynverse.org/articles/dynbenchmark.html
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更多经心内容详见：经心整理（含图PLUS版）|R语言生信分析，可视化（R统计，ggplot2绘图，生信图形可视化汇总）

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