跟着Nature学作图：R语言ggplot2分组折线图添加毛病线

程序员 · 2024-9-27 16:29:42

论文是

Environmental factors shaping the gut microbiome in a Dutch population

数据和代码的github主页链接

https://github.com/GRONINGEN-MICROBIOME-CENTRE/DMP
这个也是数据代码的下载链接，可以看目录结构

https://zenodo.org/record/5910709#.YmAcp4VBzic
本日的推文重复一下论文中的figure1b
数据集

这里毛病线的范围是均匀值加减尺度差，数据提前算好，整理到csv文件中
读取数据

library(readr)dat01<-read_csv("newdataset/MockData_Fig_1B_microbiome_rarefaction_datatable.csv")head(dat01)分组折线图

library(ggplot2)ggplot(data=dat01,aes(x=nr,y=spec.nr.mn,color=Taxon))+  geom_line(size=1.5,linetype=dat01$linetype)添加毛病线

ggplot(data=dat01,aes(x=nr,y=spec.nr.mn,color=Taxon))+  geom_line(size=1.5,linetype=dat01$linetype)+  geom_errorbar(aes(ymin=spec.nr.mn-spec.nr.sd,                   ymax=spec.nr.mn+spec.nr.sd),             size=1.05, colour="black")再叠加一层散点图

ggplot(data=dat01,aes(x=nr,y=spec.nr.mn,color=Taxon))+  geom_line(size=1.5,linetype=dat01$linetype)+  geom_errorbar(aes(ymin=spec.nr.mn-spec.nr.sd,                   ymax=spec.nr.mn+spec.nr.sd),             size=1.05, colour="black")+  geom_point(shape=21,size=1.75,fill="white")

更改坐标轴标题

ggplot(data=dat01,aes(x=nr,y=spec.nr.mn,color=Taxon))+  geom_line(size=1.5,linetype=dat01$linetype)+  geom_errorbar(aes(ymin=spec.nr.mn-spec.nr.sd,                   ymax=spec.nr.mn+spec.nr.sd),             size=1.05, colour="black")+  geom_point(shape=21,size=1.75,fill="white")+  xlab("Number of samples") + ylab("Number of features")末了是美化调解细节

ggplot(data=dat01,aes(x=nr,y=spec.nr.mn,color=Taxon))+  geom_line(size=1.5,linetype=dat01$linetype)+  geom_errorbar(aes(ymin=spec.nr.mn-spec.nr.sd,                   ymax=spec.nr.mn+spec.nr.sd),             size=1.05, colour="black")+  geom_point(shape=21,size=1.75,fill="white")+  xlab("Number of samples") + ylab("Number of features")+  scale_color_manual(values = c("#56B4E9", "#009E73", "#0072B2", "#D55E00", "#CC79A7", "#E69F00"))+  theme_bw()+  theme(text = element_text(size = 17))制作封面图

ggplot(data=dat01,aes(x=nr,y=spec.nr.mn,color=Taxon))+  geom_line(size=1.5,linetype=dat01$linetype)+  geom_errorbar(aes(ymin=spec.nr.mn-spec.nr.sd,                   ymax=spec.nr.mn+spec.nr.sd),             size=1.05, colour="black")+  geom_point(shape=21,size=1.75,fill="white")+  xlab("Number of samples") + ylab("Number of features") -> p1print(p1)ggplot(data=dat01,aes(x=nr,y=spec.nr.mn,color=Taxon))+  geom_line(size=1.5,linetype=dat01$linetype)+  geom_errorbar(aes(ymin=spec.nr.mn-spec.nr.sd,                   ymax=spec.nr.mn+spec.nr.sd),             size=1.05, colour="black")+  geom_point(shape=21,size=1.75,fill="white")+  xlab("Number of samples") + ylab("Number of features")+  scale_color_manual(values = c("#56B4E9", "#009E73", "#0072B2", "#D55E00", "#CC79A7", "#E69F00"))+  theme_bw()+  theme(text = element_text(size = 17)) -> p2print(p2)library(patchwork)p1+p2

本日推文的示例数据和代码可以在公众号后台留言20220509获取

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