A polar bear paleogenome reveals extensive ancient gene flow from polar bears into brown bears
https://www.nature.com/articles/s41559-022-01753-8
当地pdf文件
A polar bear paleogenome reveals extensive ancient gene flow from polar bears into brown bears.pdf
代码
https://github.com/PopGenomics-WMS/Bruno_aDNA_analysis
https://github.com/PopGenomics-WMS/Bruno_aDNA_analysis/blob/main/06.mtDNA_nuc_Phylogeny/vcf2fasta.sjf.py
这个脚本用到了 Pool python多线程处理处罚，重要学习这个内容
遇到的问题一
假如是在windows体系下运行脚本
python vcf2fasta.sjf.py -v new.vcf -op abc -nt 4abc是一个文件夹，必要在当前目次下存在
这里会遇到报错NameError: name 'dict_run' is not defined 这里的dict_run是使用global界说到函数里的一个变量，linux体系下就没有这个问题，windows学习通下的python是3.8.3，linux体系下的python版本是3.9.1
遇到的问题二
脚本里界说了每种基因型对应的碱基序列
这里非纯合的位点界说为M R W这些是为啥，暂时想不明白
这个脚本有范围是，他界说了vcf文件的基因型
假如vcf文件的基因型不是这些的话就会报错keyError
python多线程的一个简单小例子
from multiprocessing import Pooldef make_new_file(filename): with open(filename,'w') as fw: fw.write('xiaoming') def abc(): aa = ['aaa.txt','bbb.txt','ddd.txt','eee.txt'] with Pool(3) as p: p.map(make_new_file,aa) p.close() p.join() if __name__ == '__main__': abc() print("ABCD")这里Pool这个函数好像是必须搭配if __name__ == '__main__':这个语句
参考链接 https://docs.python.org/3/library/multiprocessing.html
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