day32 失败：EPIC-Seq流程

藏宝库编辑 · 2024-10-4 20:21:36

由于对cfDNA的爱好，查到22年这篇在Nature biotechnology上的文章Inferring gene expression from cell-free DNA fragmentation profiles.想实验跑一下EPIC-seq的流程。感谢文章作者提供的这么全面的资料。但，仍旧很多不懂。
无论用conda安装R，还是下载gz文件当地安装，都是失败。
太难过了。
一、 Rscript 这个是在Linux内里利用R要调用的命令。
Rscript runEPIC.R –-bamdir D:/work/research/ssDNA/result/ssDNA_1stsequence/bamdir –-tssinfo D:/work/research/ssDNA/result/ssDNA_1stsequence/code/priordata/all.tss.genes.canonical.ensembl75.txt –-panelbed D:/work/research/ssDNA/result/ssDNA_1stsequence/code/priordata/all.tss.genes.canonical.ensembl75.txt.noheader –-targeted no –-outdir D:/work/research/ssDNA/result/ssDNA_1stsequence/outdir –-mapq 30 –-groupref <character> –-groupsize <double, number of genes per group> –-skipHist <binary, 0 or 1> –-skipOCFFrags <binary, 0 or 1>二、先建立虚拟环境
conda create -n R_cfDNApipe python=3.8.3
输入：conda activate R_cfDNApipe，报错。
于是先输入：source activate，再输入 conda activate R_cfDNApipe

检察全部虚拟环境 conda env list

退出虚拟环境： conda deactivate
参考教程：虚拟环境
虚拟环境：https://blog.csdn.net/robot8me/article/details/109471568
conda的设置：https://www.bilibili.com/read/cv8956636
conda瘦身：
conda clean --packages --tarballs 删除缓存包，重新下载
conda clean -i清除缓存，重新加载condo地点
conda clean -p    //删除没有用的包
conda clean -t    //删除tar包
conda clean -y --all //删除全部的安装包及cache
三、在Linux里直接安装R（直接安装失败，就是到PCRE那一步怎么都不乐成）
参考教程:
https://www.136.la/jingpin/show-30899.html
https://blog.csdn.net/tandelin/article/details/1183937531
https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/10984983.html
下载文件 R-4.1.1.tar.gz，放到software目次下
2，解压：tar -zxvf  R-4.1.1.tar.gz
3，进入解压后的文件夹
举行configure，make， make install
./configure --prefix=/data/zds209/software/R --enable-R-shlib
make
make install
4，configure遇到各种报错:

zlib version >= 1.2.5需要安装
由于公共software里有，只需直接.bashrc添加：
export PATH=/data/software/zlib1.22.11/binPATH
export CFLAGS="-fPIC -I/data/software/zlib1.22.11/include"
export LDFLAGS="-fPIC -L/data/software/zlib1.22.11/lib"
bzip2需要安装
下载https://sourceforge.net/projects/bzip2/files/latest/download

tar xzvf bzip2-1.0.6.tar.gz cd bzip2-1.0.6 make -f Makefile-libbz2_so make clean make make install PREFIX=/data/zds209/software/bzip2-1.0.6

lzma version >= 5.0.3
下载http://tukaani.org/xz/xz-5.2.3.tar.gz

tar xzvf xz-5.2.3.tar.gz./configure --prefix=5. cd tar xzvf xz-5.2.3.tar.gz./configure --prefix=/data/zds209/software/xz-5.2.3make -j3make install

PCRE >= 8.32
下载 https://nchc.dl.sourceforge.net/project/pcre/pcre/8.42/pcre-8.42.tar.gz

tar -zxvf pcre-8.42.tar.gzcd pcre-8.42./configure --enable-utf8 --prefix=/data/zds209/software/pcre-8.42make -j3make install到.bashrc中
export LC_ALL="zh_CN.UTF-8"export LANG="zh_CN.UTF-8"export PATH=/data/zds209/software/pcre-8.42/bin

PATHexport LD_LIBRARY_PATH=/data/software/pcre-8.42/bin

LD_LIBRARY_PATH
检察一下pcre的版本：
zds209 07:14:44 ~

day32 失败：EPIC-Seq流程

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