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mutmap

开发者 2024-9-22 23:18:41 100 0 来自中国

1.创建python3.5情况、安装工具

conda create -n mutmap python=3.5 mutmap
2.预备文件

参考基因组（水稻）：reference.fasta
野生型：10079
分离群体混池：Rice_H304-R06_good
3.分析

mutmap -r reference.fasta -c 10079_1_clean.fq,10079_2_clean.fq -b Rice_H304-R06_good_1.fq,Rice_H304-R06_good_2.fq -n 20 -o example_dir
# -n 20 突变体的个体数目
# -o example_dir 输出位置
# 若须要对fq文件举行修剪，则在末了加上 -T