安装MultiQC，同时对两个以上的fastq文件的数据质量做出评价

程序员 · 2024-9-6 14:13:44

安装MultiQC

## 安装conda
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2021.05-Linux-x86_64.sh
bash Anaconda3-2021.05-Linux-x86_64.sh
## 安装python2情况
conda create --name python2 python=2.7 -c https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ -y

conda activate python2 ##切换到python2情况

conda install multiqc
conda install multiqc -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda

下载fastq文件

以SRR8073294、SRR8073207为例 ##它们比较小，下得快
EMBI-EBI ##为啥不消NCBI，因为找不到wget下载的ftp所在, 反正一样，用EBI好啦

有ftp所在，可以直接wget；有SRA ID ，可以直接prefetch，但是下载了，还要用fastq_dump解压转换为以fastq.gz结尾的文件
直接右键，复制链接，得到ftp所在，wget 超等快，批量下载fastq文件，多快乐

fastqc评价测试数据质量

multiqc整合多个质控结果

multiqc_report.html 可以直接在图形界面打开，也可以下载到本地，用Windows的欣赏器打开查察
multiqc_data包罗一些数据根本的统计和日记文档

安装MultiQC，同时对两个以上的fastq文件的数据质量做出评价

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