主要学习自Linux利用与生物信息_哔哩哔哩_bilibili
生信入门 linux实用底子1 2 3
- Linux实用底子1
- Linux实用底子2
- Linux实用底子3 find grep awk sed xargs
生信入门 R实用底子1 2
- R实用底子1——根本设置与利用
- R实用底子2——常用数据处置惩罚下令
1 文件搜刮 find
参考
linux 根据文件巨细查找文件 - 向阳的向日葵 - 博客园 (cnblogs.com)
linux通配符和正则表达式_疯狂的步伐员11的博客-CSDN博客_mv 正则表达式
find ./ -name '*.fna' 搜刮当前目次下以.fna末了的文件find ./ -amin 5 搜刮当前目次下近来5分钟天生的文件find ./ -size +1k 搜刮当前目次下大于1k的文件find ./ -name '*.fna' -exec rm '{}' \; 搜刮当前目次下以.fna末了的文件并实验删除find ./ -size +10M -mtime -2 查找当前路径下，文件巨细大于100M，并且2天内更 新过的文件，表现出来find ./ -size +10M -size -20M 查找当前路径下，文件巨细大于10M小于20M的文件find ./ -type f -mtime -1 -size +100k -size-400k -type f表现只查找文件，过滤掉文件夹，块文件
- 通配符与正则表达式：
通配符用于匹配文件名，由shell剖析的，好比find，ls，cp，mv等下令支持通配符查找文件名。
正则表达式元字符有字符匹配、匹配次数、位置锚定、分组。主要是处置惩罚文本里的内容，用来匹配文本里的字符串，针对文件内容的文本过滤工具里，多数用到正则表达式，如grep,sed,awk,vim, less,nginx,varnish等下令支持正则表达式。
更多正则表达式学习可看这个：你是怎样学会正则表达式的？ - 知乎 (zhihu.com)
2 文本筛选 grep
参考grep下令详解；单引号和双引号区别 - 刷子丶 - 博客园 (cnblogs.com)
单、双引号区别
- 单引号：可以说是所见即所得：即将单引号内的内容原样输出，大概形貌为单引号内里看到的是什么就会输出什么。单引号''是全引用，被单引号括起的内容不管是常量还是变量者不会发生更换。
- 双引号：把双引号内的内容输出出来；假如内容中有下令、变量等，会先把变量、下令剖析出结果，然后在输出终极内容来。双引号""是部门引用，被双引号括起的内容常量还是常量，变量则会发生更换，更换成变量内容。
- 不加引号：不会将含有空格的字符串视为一个团体输出, 假如内容中有下令、变量等，会先把变量、下令剖析出结果，然后在输出终极内容来，假如字符串中带有空格等特别字符，则不能完备的输出，必要改加双引号，一样寻常一连的字符串，数字，路径等可以用。
- 利用规则：一样寻常常量用单引号''括起即可，假如含有变量则用双引号""括起，无变量无空格无特别字符的一连字符串可不加引号
- 最大差别：单引号与双引号的最大差别在于双引号仍然可以保有变数的内容，但单引号内仅能是一样寻常字符，而不会有特别符号，
常用下令示例
grep ">" a.txt | wc -l 搜刮文件中含有'>'的行，并统计行数grep -c ">" a.txt 统计有'>'的行数, 等价于同上grep -w "chr1" a.txt 搜刮全词准确匹配'chr1'的行，-w表现整个word都匹配上grep -n "chr1" a.txt 搜刮含有字符'chr1'的行并列出行号grep -vc "chr" a.txt 统计不含'chr'的行数的个数grep 'chr' a.txt | grep -v 'chrX' 搜刮文本中含有Chromosome的行并排除有Annotation 行 grep -e "chrX" -e "chrY" a.txt 参数-e举行多项利用（指定多个匹配模式，只要符合一个都会被输出）grep -w "chr1" a.txt -A 2 搜刮全词准确匹配'chr1'的行行并列出下面两行。 -A表现aftergrep -w "chr1" a.txt -B 2 利用grep的-B选项，表现匹配内容及其前n行。-B表现before。grep -w "chr1" a.txt -C 2 利用grep的-C选项，表现匹配内容及其前n行和后n行。ls /usr/bin/ | grep "\.py" 搜刮特定目次下名字包罗'.py'的文件（'.'必要转义'./'）ls /usr/bin/ | grep "\.py\b" 或 "\.py$" 搜刮特定目次中以'.py'末了的文件( '\b'或'$'表现末了)ls /usr/bin/ | grep "^ht" 搜刮特定目次中以'ht'开头的文件grep 1[1-9] a.txt 应用正则表达式搜刮包罗'11'-'19'的行 grep -vP "^\s*$" 1.txt 去除空白行 grep -P "^\d{11}$" 1.txt 匹配含11位数字的行grep应用正则表达式的常用示例
- . 更换某个字符（换行符除外），如 grep "e.t" 1.txt
\ 转义，如 .不能更换自身，需用\.来转义
*通配符可匹配前面的子表达式0或多次，如go*可匹配g和gooo，常常和 .一起利用.*可匹配恣意字符无穷多次
- ?和+,{}，|, [] 等利用必要用grep -E ，即扩展的正则表达式
+ 表现匹配1次及以上
?表现匹配0或1次
{1,10}表现重复1到10次
|表现大概，择意匹配，如grep -E "eat|cat" 1.txt，匹配eat或cat
[] 匹配括号内恣意字符，如 grep -E "[ec]at" 1.txt
- grep不支持以下字符集简写，必要用grep -P
^\s*$表现行首与尾都是空白（即空白行）
去除空白行 ：grep -vP "^\s*$" 1.txt
匹配11位电话号码：grep -P "^\d{11}$" 1.txt
3 sed (stream editor,流编辑器) (以每举动单元编辑)
注意sed结果默认为屏幕输出，并不改变原来文件内容，常用>重定向生存修改文件
sed
-e 默认模式，一样寻常用于多项修改，之后常用>重定向生存修改文件
-i 在原文件上直接举行修改
-n 安静模式，仅表现处置惩罚后的结果，常与p连用，只输出发生更改的特定行
-f 接脚本文件
sed 's/NC/nc/g' 1.txt >2.txt 对文件中的NC更换成nc并另存为，s表现更换，g表现全局，下令一样寻常用 ' '括起来sed 's/A/a/2' 1.txt 对文件中的每行第2个A更换成ased 's/b/B/g;s/a/A/g' 1.txt 更换b和a为大写，同时举行多项利用可用`;`分隔开sed '1,5s/:/?/g' 2.txt 只对文件的1至5行内容举行更换':'为'?'sed '1,5!s/:/?/g' 2.txt 只对文件的1至5行内容不举行更换，！表现非sed '/>/!s/A/a/g' gene.fasta 对含有>的行不举行利用，其他行举行更换sed '/beat/,/ggle/s/o/O/g' 1.txt 将含有'beat' 和'ggle'字符行的中心行的'o'更换成'O'，选择条件之间用`/`和`,`隔开# sed常用的应用： 将fastq格式转化为fasta格式zcat A.1.fq.gz |sed '0~4d' |sed '0~3d' |sed 's/^@/>/1' |less若想要同一时间逐个更换多项内容则必要用y选项，如ATCG分别更换为TAGC，（注意默认为全局更换，末了不加g）
sed '/>/!y/ATCG/TAGC/' gene.fasta (含有>的行不举行更换)各种删除与输出利用：
sed '/^\s*$/d' 1.txt 删除文件中空白行，^\s*$表现行首与尾都是空白（即空白行），d表现删除sed '3,10d' 1.txt 删除文件第3至10行sed '3,$d' 1.txt 删除文件中第3行及之后全部行的内容sed -n '3,10p' 1.txt 输出文件第3至10行sed -n '3p;10p' 1.txt 输出文件第3行和10行,也可写成 sed -ne '3p' -e '10p' 1.txt sed -n 's/NC/nc/p' 1.txt 只输出发生'NC'/'nc'更换的行sed -n '/Chromosome:/p' gene.txt 输出含有Chromosome：的行sed 's/:.*//g' 2.txt 删除文件中每行的：及之后的全部内容，即把：后的全部内容(用.*表现)更换为空若想在sed利用多项下令，还可以在输入第一个 ' 后回车，即可在>后输入多下令
tr下令
tr下令可看做简化版本的sed ，类似于sed的y选项下令，常用于更换巨细写等
tr [A-Z] [a-z] <a.txt 全局更换巨细写tr [ATCG] [TAGC] <a.txt 将ATCG分别更换为TAGCtr -d [chr] <a.txt 删除文件中的chr字符 d表现删除4 惊人的awk：强盛的文天职析工具（以每列为单元编辑）
（一样寻常常用gawk版本）
-f progfile 接脚本
-F file-separator 分隔符
-v var=var 变量
常用下令示例
awk '{print $1,$3}' 1.txt 输出文件第1和3列 ，下令用在'{ }'里写，$0表现输出整行awk '{print $NF}' 1.txt 输出文件末了一列（NF表现末了字段)awk '$1>$2' 1.txt 输出第1列数值大于第二列数值的行awk '$4>300 && $4<800' 1.txt 输出第4列数值大于300小于800的行awk -F "\"" '{print$4}' 1.txt #以"为分隔符（\"转义），输出第4列awk -F '"' '{print $2,"name:\n"$4}' 1.txt 可以在print输出中添加字符内容 name：\n（换行符)awk '{if ($1>=500 && $2>=1000) print $0}' x.txt 对文本设置条件筛选举行输出awk '{if ($1>200 && $2>500) print $0}' x.txt |sort -n -k1 |uniq |wc 统计符合筛选条件的数据awk '{if ($1>1000) print "SoBig!!!:"$1 ;else print "Normal"}' x.txt 利用if else 语句举行条件筛选输出awk '$0~/chrmt/{print $0}' 1.txt 输出文件中包罗有'chrmt'的行awk -F ':' '$2~/10/{print $0}' 1.txt 以：为分隔符，输出第2列数值为10的行（若排除2列则为'$2!~'）
- 天生.txt文件列表，便于之后写步伐批量化处置惩罚数据（注意当用\易肴杂时可用#作为分隔符）:
find ./ -name '*.txt' |sed 's#\.#/media/sf_s#1' |awk -F '/' '{print $NF"="$0}' |sed 's/.txt//1'
BEGIN与END
利用前后添加语句:
awk 'BEGIN{print "\nThe Work Begin!!!\n" } {if($1>200 && $2>500) print $0} END{print "\n THE WORK END!!!!!\n"}' x.txt 5 参数转达xargs
参考xargs下令详解，xargs与管道的区别 - 薰衣草的旋律 - 博客园 (cnblogs.com)
- xargs与管道的区别：
xargs转达的是下令行参数：xargs下令可以通过管道继续字符串，并将吸收到的字符勾通过空格分割成许多参数(默认环境下是通过空格分割) 然后将参数转达给其反面的下令，作为反面下令的下令行参数；管道符转达的是尺度输入，字符串
如：
echo '--help' | cat 该下令输出的是echo的内容：'--help'
echo '--help' | xargs cat 等价于 cat --help ，输出cat 资助文档信息
find ./ -name '*.txt' | rm 此利用无效
find ./ -name '*.txt' |xargs rm 搜刮文件名后举行删除
find ./ -name '*.txt' |xargs tar -zcvf 10.tar.gz 搜刮特定文件名后举行打包压缩
- xargs常用应用：利用xargs克制特定进程：
sleep 500 & 将进程sleep放入配景运行
ps -u 'gu' | awk '/sleep/{print $1}' | xargs kill 列出用户gu下的进程，搜刮sleep进程并列出第一列的pid号，kill步伐
- 参数：
最常用参数：-d 分隔符，默认为换行符/n -i (不是全部linux都支持) 大概是-I，将xargs的每项名称，一样寻常是一行一行赋值给 {}，可以用 {} 取代。-n num 反面加次数，表现下令在实验的时间一次用的argument的个数，默认是用全部的（注意-I -L -n是倾轧的）其他：-a 接文件，从文件中读-e flag，注意有时间大概会是-E，flag必须是一个以空格分隔的标志，当xargs分析到含有flag这个标志的时间就克制-L -l 同 -L, num 从尺度输入一次读取 num 行送给 command 下令。-p 当每次实验一个argument的时间扣问一次用户。 -P 修改最大的进程数，默认是1，为0时间为as many as it can ，应该寻常都用不到的吧-r no-run-if-empty 当xargs的输入为空的时间则克制xargs，不消再去实验了。-s num 下令行的最大字符数，指的是 xargs 反面谁人下令的最大下令行字符数-t 表现先打印下令，然后再实验-x exit的意思，主要是共同-s利用
cat test.txt | xargs xargs 默认是echo的功能，打印内容并去除换行符cat test.txt | xargs -n3 每行打印3个单词为一行( 字符排成3列)cat test.txt | xargs -d: -n3 以:为分隔符, 每行输出3 列内容搜刮指定目次下的txt文件，将其复制到当前目次，并将其打包：
find ~/wk/ -name '*txt' | xargs -i cp {} ./ | tar -zcvf hhh.tar.gz *.txt 生信入门 linux实用底子1 2 3
- Linux实用底子1
- Linux实用底子2
- Linux实用底子3 find grep awk sed xargs
生信入门 R实用底子1 2
- R实用底子1——根本设置与利用
- R实用底子2——常用数据处置惩罚下令
|
