单细胞测序数据进阶分析—《细胞通讯》2.1CellChat根本分析教程

程序员 · 2024-9-19 08:30:44

前言
在前面的一讲内容里(单细胞测序数据进阶分析—《细胞通讯》1.概论)我们已经给大家先容了细胞通讯的根本概念。本讲的内容紧张是领导大家走一遍CellChat最根本的workflow，类似于我们学习Seurat时的“单样天职析”部门，旨在向大家先容CellChat的根本语法、用法及功能。本次课程所涉及的代码、测试文件在公众号背景中复兴“CellChat.P1”获取。后续的代码假如不出不测都会在西柚云中制作（https://www.xiyoucloud.net/aff/UPWEQQBD）。
时长超啦，完备视频直接去B站看吧：
Cellchat根本分析教程实操
Cellchat根本分析代码效果一览：
单细胞测序数据进阶分析—《细胞通讯》2.1CellChat根本分析

往期回顾
B站视频，先看一遍视频再去看推送操作，建议至少看三遍：
保姆级教程《手把手教你做单细胞测序数据分析》
保姆级教程，代码部门整理在往期推送之中：
手把手教你做单细胞测序数据分析（一）——绪论
手把手教你做单细胞测序数据分析（二）——各类输入文件读取
手把手教你做单细胞测序数据分析（三）——单样天职析
手把手教你做单细胞测序数据分析（四）——多样本整合
手把手教你做单细胞测序数据分析（五）——细胞范例解释
手把手教你做单细胞测序数据分析（六）——组间差异分析及可视化
手把手教你做单细胞测序数据分析（七）——基因集富集分析
上游fastq文件处置惩罚：
单细胞分析的最上游——处置惩罚Fastq文件：cellranger
单细胞分析的最上游——处置惩罚Fastq文件：dropseqRunner
其他单细胞相干技能贴也在这里：
细胞的数量由誰决定？
单细胞中应该怎样做GSVA？
答读者问（三）：单细胞测序远景
答读者问（四）：怎样分析细胞亚群
答读者问（六）：Seurat中怎样让细胞听你指挥
答读者问（八）：为什么Read10X也会报错?
答读者问（十）整合后的表达矩阵，怎样拆分出分组信息？
答读者问（十一）怎样一次性读取一个目次下的cellranger输出文件？
单细胞文献阅读：
文献阅读系列（八）、不会吧不会吧，Nature都能白嫖？
文献阅读系列（十一）、高氧下小鼠肺发育损伤的ScRNA图谱
文献阅读系列（十二）、IgAN & STRT-Seq
非技能帖：
关于单细胞的事谈谈反面的筹划
Biomamba助推的第一篇论文发表啦

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