进化树 | 给定列表，从一棵大树上抽出你要的小树

开发者 · 2024-10-1 13:02:05

前几天，有一个合作课题的朋友临时提到，现在咱们几百个样品有一个树，但是我只想看其中30个样品的树，怎么办？尤其是，他正好有只有这 30 个样品的一些数值矩阵云云。
当然，最简单的做法就是直接从一棵几百个Taxon的进化树里面，抽取出这30个样品的演化关系。说起来简单，做起来就比较复杂。我简单检索了，似乎并无合适实现。其中基本也全是，你用python某软件云云，或者用R的什么包，而且也写得不太清楚，用起来很不方便。当然，我尝试了用chatGPT或者openAI，并无解决问题。Emmm....尽管我做过一些分析，python R 也不至于完全不会，但是这么一个小事，你就要骗我去学一个包，学一个模块的API？不接受。
不接受，那就只自己写。于是 TBtools 终于有了一个新功能。

使用简单，直接输入一个大树，给一下你需要的子集ID列表，点击 Start 就可以看到一个小树。

是不是觉得很实用？

进化树 | 给定列表，从一棵大树上抽出你要的小树

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