学习某些生物数据分析紧张的R包时，极有大概第一步安装R包就被卡住。学习R的过程中也积聚了很多R包安装不上的办理方法，渴望对大家有所资助。这里以phyloseq包为例，尝试多种安装方式。
1. 直接安装R库中的包
# 一种利用r base的安装方式if (!requireNamespace("phyloseq", quietly = TRUE)) install.packages("phyloseq") # repos参数可以设置安装源，?install.packages可以检察更多参数意义# Bioconductr包可以利用BiocManager安装if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")BiocManager::install("phyloseq")2. 安装github上的包
# 2.1 利用githubinstall包安装install.packages('githubinstall') library(githubinstall)githubinstall('phyloseq')如果找不到的话，就去github上搜，然后直接找到作者和软件比方：hippo-yf 作者， MUREN 包remotes::install_github("hippo-yf/MUREN")# 2.2 利用devtools包安装install.packages('devtools') library(devtools)install_github("joey711/phyloseq") 大概：install.packages("devtools")install.packages("rJava")library(rJava)library(devtools)# From githubinstall_github("github_user_name/package_name")# From localdevtools::install_local("path_to_package_file.zip")注：install_github()从软件作者github库安装，大概安装失败，本身有github账号的同砚，可以先将phyloseq项目生存到本身账号，然后再利用devtools安装。
3. conda安装R包
利用conda安装R包的条件是你的电脑/服务器中安装有conda。默认安装到环境变量中的r-base。
# 3.1 conda 安装特定Rconda create -n R4.0 # 为4.0版本r单独创建conda环境conda activate R4.0conda install r-base==4.0.3 # 安装R 4.0.3版本,==表示准确匹配，=表示暗昧匹配conda install r-phyloseq # 安装phyloseq包，服务器上很多包都可以如许安装，有时间会表现找不到这个包，阐明conda的源中找不到这个包，可以添加新的源。有时会表现毗连克制，可以把包下载下来，当地安装。# 3.2 conda当地安装包cd ~/Anaconda/pkgs # 将下载的包放在conda放安装包路径中举行当地安装conda install --use-local phyloseq_1.36.0.tar.gz # 我没有乐成过4. 当地安装R包
将必要安装的R包下载下来，可以在电脑/服务器上打开R举行安装，也可以不打开R直接在服务器上举行安装。当地安装的毛病时，不能同时办理依赖包题目，因为依赖包安装失败时，必要手动安装依赖包。
# 4.1 打开R后，举行安装，必要将下载的R包放入工作环境中wget http://bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/phyloseq_1.36.0.tar.gzinstall.packages("phyloseq_1.36.0.tar.gz", repos = NULL, type="source") ## 大概直接用下载链接安装，但是有大概出现毗连克制或超时install.packages("http://bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/phyloseq_1.36.0.tar.gz", repos = NULL, type="source") ## 利用github上的master分支举行安装，很大概率会报错install.packages("https://github.com/joey711/phyloseq/archive/refs/heads/master.zip", repos = NULL, type="source") # 4.2 服务器安装，不必要打开R，直接在终端输入下列代码R CMD INSTALL phyloseq_1.36.0.tar.gz注：repos用于指定安装源，如果知道确定的源，可以直接repos=“源链接”，因为有源也会经常遇到毗连克制题目，以是我一样平常下载下来安装。当地安装时会报缺少某些依赖包的错，依次根据上面的各种方法安装完依赖包，再重新运行上面的安装代码即可。
5. 安装R某个分类的全部包
R中将R包按照体系发育分析、统计学等举行分类。利用ctv包可以按照分类安装/更新整个分类中的R包。
# 以体系发育分析分类为例install.packages("ctv")library("ctv")install.views(" hylogenetics") # 安装update.views("hylogenetics") # 更新citation(package = "ctv") # R包引用信息有时间，上面全部方法都试了，照旧有包安装不上。因为R包还依赖当地一些别的环境，好比gcc版本题目。每个安装定名另有很多参数必要设置。网上着实搜索不到安装方法，可以试着接洽包作者。看作者有没有办法。
# 可以试着运行以下下令，克制安装软件堕落conda install gcc_linux-64conda install gxx_linux-64conda install gfortran_linux-64一起加油吧！??? |
