跟着Nature Communications学作图:R语言ggplot2散点图及添加笔墨标签

源码 · 2024-9-22 13:23:57

论文

MiDAS 4: A global catalogue of full-length 16S rRNA gene sequences and taxonomy for studies of bacterial communities in wastewater treatment plants

https://www.nature.com/articles/s41467-022-29438-7
数据链接
https://figshare.com/articles/dataset/Dueholm2021a_data_zip/16566408/1
代码链接
https://github.com/msdueholm/MiDAS4
今天的推文重复一下论文中的Figure4a

论文中没有直接提供这个作图数据，必要运行一系列代码得到，这里我不先容前面获取作图数据的代码了，感爱好的可以本身去找来代码试试，假如运行的话必要比力大的内存

作图数据部门截图

读取数据

library(ggrepel)library(tidyverse)library(ggplot2)library(ggtext)library(ggrepel)gV134<-read_csv("fig4a.csv")作图代码

p <- ggplot(gV134, aes_string(x = "V13_mean_abundance", y= "V4_mean_abundance", fill="Bias"), color="black") + geom_point(size = 2,shape=21) + geom_abline(size = 0.5) + geom_text_repel(data = filter(gV134, gV134$FC>1 & gV134$V4_mean_abundance>0.1), aes(label = Genus), #vjust = 1.5, colour="grey30") + geom_text_repel(data = filter(gV134, gV134$FC<(-1) & gV134$V13_mean_abundance>0.1), aes(label = Genus), #vjust = 1.5, colour="grey30") + xlab("Mean V13 amplicon genus read abundance (%)") + ylab("Mean V4 amplicon genus read abundance (%)") + scale_x_log10(limits=c(0.001,2)) + scale_y_log10(limits=c(0.001,2)) + theme_bw() + theme(legend.position = "none", plot.title = element_markdown())+ scale_fill_manual(values = c('Equally detected'="#898989", 'More abundant with V1-V3'="#2a7cb6", 'More abundant with V4'="#d41b21"))+ labs(title="352 genera equally abundant (gray) 112 genera more abundant with V4 (red) 111 genera more abundant with V1-V3 (blue)") p

这里碰到的题目是添加的文本标签有点多，相互之间会有重叠，利用ggrepel这个R包也调治不出比力好的效果，只能出图后再编辑图片了
这里标题的文本只有一部门添加了颜色，可以借助ggtext这个R包的markdown语法实现

示例数据和代码可以本身到论文中下载

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