一文办理Windows体系上的R、Rtools、Rstudio的安装，镜像设置和BiocManager

手机软件开发 · 2024-10-6 23:26:31

前面的文章请看：
TBtools进行序列提取；基因眷属的判定blast和hmmer；基于Windows体系的iqtree体系进化树；关于Windows体系上的java安装

R与Rstudio的安装。R语言是一种专门做数据分析的语言，是生物信息学常用的分析工具。Rstudio是可以或许方便展示R语言的一个平台软件。我们先安装R。
1，在这个网站上（https://cran.r-project.org/mirrors.html）选择中国清华的镜像网站（https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/）
Download R forWindows>base>Download R-4.2.2 for Windows
这一步有大概会由于网络题目报错，报错的话我们去北大的镜像看看，（https://mirrors.pku.edu.cn/CRAN/bin/windows/base/），选择（R-4.2.2-win.exe）下载。
2，双击安装，我把它存在D盘，反面都是直接默认的下一步。
末了在桌面天生了一个R4.2.2的图标，打开它，这个就是R的尺度界面了。

3，接下来安装Rtools，由于有些R包，必要这东西。在北大的镜像网站（https://mirrors.pku.edu.cn/CRAN/bin/windows/Rtools/rtools42/files/），由于我这个R版本是4.2，就选择rtools42-5355-5357.exe，下载后自行安装，这个情况变量是自动设置了，不必再像装JAVA那样本身设置情况变量。
着实到这里为止，R已经是可以使用了，但这个界面对很多人来说并不友爱，Rstudio则可以使R变得更方便运行。
4，下面安装Rstudio（https://posit.co/download/rstudio-desktop/），下载是免费的，第二步install RStudio Desktop，点击下载。
5，双击安装，安装到本身指定的文件夹中，完成后，打开bin文件夹，内里有个rstudio.exe的步伐，双击打开即可，三个窗口。左边的就是刚刚安装的R的窗口，是实行下令的窗口，右上角是看变量的窗口，右下角多功能窗口。

6，接下来我们设置一些镜像，为了以后下载R包的时间能顺利下载。起首在R的窗口，检察如今的镜像

options()$repos

我的第一个下令，有个报错，其他人不肯定会报错的。说位置不对，固然不影响，但那行红字很显眼，缘故起因大概是我原来的C盘的文档我挪到了D盘了，且路径有中文，办理方法(https://www.bilibili.com/read/cv17005408)。
办理完了，如今的镜像就是官网，打开.Rprofile，前面有个点的别漏了。

file.edit(file.path("~",".Rprofile"))

写入两行代码：

options("repos"= c(CRAN="https://mirrors.pku.edu.cn/CRAN/","http://mirrors.aliyun.com/CRAN"))
print("已设置北大阿里云镜像")

生存，再退出重进，再来看看当前镜像，options()$repos，变了，且开始的形貌也多了那行字。偶然候一些镜像大概会不好用，本身就去更换吧。
7，接下来安装各种R包，起首我们先安装一个BiocManager，在官网上看到BiocManager版本是3.16，是得当4.2版本的R的。
安装下令，直接复制粘贴上去就行

if(!require("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version= "3.16")

偶然会弹出个更新的，a更新全部就行。
8，安装R包的下令有2个，一个是用R自带的下令

install.packages("package_name")

别的一个就是通过刚刚安装的BiocManager安装
起首加载BiocManager

library(BiocManager)

再安装

BiocManager::install("package_name")

各人可以试着安装WGCNA，dplyr，ggplot2，limma，tidyverse，DESeq2等R包，有批量安装的下令

install.packages(c("package1","package2", "package3"))
BiocManager::install(c("package1","package2", "package3") )

下面做一个安装R包的示例，树模安装名为dplyr的R包：

install.packages("dplyr")

大概通过biocmanager安装，先加载biocmanager再安装dplyr

library(BiocManager)

BiocManager::install("dplyr")

安装时大概会加载各种各样的依靠包哦。

各人要思考每个代码的意思哦，有些代码是必要自行修改的，不可以单纯的复制粘贴，偶然候报错了，也要看报错的信息，实验百度本身办理。
那今天就完成了R、Rtools，Rstudio的安装，镜像设置和和BiocManager等R包的安装了。

一文办理Windows体系上的R、Rtools、Rstudio的安装，镜像设置和BiocManager

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