Nanopore测序在宏基因组学中的应用

程序员 · 2024-10-2 01:35:05

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1.B站检索（第一天：illumina、PacBio、Nanopore测序原理）
2.B站检索（Nanopore平台宏基因组测序的长处）

标准流程

本流程复现自Nature communication的文章“Short- and long-read metagenomics expand individualized structural variations in gut microbiomes”
数据泉源 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA820119
脚原泉源 https://github.com/chen318liang/Gut-Metagenome-Pipeline-Based-on-Nanopore-Sequencing
数据下载

按图示下载数据

也可接纳sra-toolkit批量下载方法，详细见文
https://www.jianshu.com/p/6f8f9a6d1a56
SRA数据转fastq

使用fasterq-dump转换数据

Nanopore测序在宏基因组学中的应用

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