R代码归并TCGA体细胞突变数据

手机游戏开发者 · 2024-9-29 04:15:32

前次通过图文给各人讲授了怎样从TCGA数据库下载体细胞突变的数据
☞ 怎样从TCGA数据库下载体细胞突变数据（somatic mutation）
前面我们也讲过，怎样从TCGA数据库下载RNAseq和miRNA-seq的数据。各人应该对TCGA数据库内里数据的格式有了肯定的相识。
☞ 新版TCGA数据库RNAseq数据下载
☞ 新版TCGA数据库miRNA数据下载
无论是RNAseq，miRNAseq还是体细胞突变的数据，都是单个的文件。也就是每一个样本会用一个单独的文件来存放相应的数据。如果我们想得到如下图所示的矩阵，就须要通过循环去读取每一个文件内里的内容，然后举行归并。
前面已经跟各人分享过怎样通过R代码或者是利用零代码的工具来归并RNAseq和miRNA-seq的表达矩阵。
☞ 【视频讲授】R代码归并新版TCGA中RNAseq表达谱矩阵
☞ 【视频讲授】R代码归并新版TCGA中miRNA表达谱矩阵
☞ 零代码归并新版TCGA中RNAseq和miRNA表达谱
归并体细胞突变数据的思绪，其实跟前面讲到的归并表达矩阵的思绪大要类似，固然也有一个很告急的差别之处。
1）读取sample sheet内里的内容，获取每个MAF（mutation annotation format）文件的路径，如下图所示。

2）循环读取每一个MAF文件内里的内容

3）将每个文件内里的内容按行贴起来，这个跟前面合成表达矩阵是不一样的。归并表达矩阵是按列来归并。终极我们可以得到下面如许一张表格。

基于这张表格的数据，我们就可以绘制前面提到过的瀑布图。关于这张表格内里每一列的寄义，我会在下面的文章内里给各人做详细的先容。

完备归并R代码+详细表明☟☟☟
R代码归并TCGA体细胞突变数据

R代码归并TCGA体细胞突变数据

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