【Python生信编程条记】一、先容

计算机软件开发 · 2024-9-19 10:41:34

迩来想学一下生信编程，但是由于本身是生物专业，对盘算机编程也不是太了解，所以感觉还是有很大困难。着实本身对编程还是有肯定爱好，从前也有自学过JAVA，不外现在各人编程似乎都用python了，所以在网上找了几本在生物学中应用python编程办理生物学题目的册本学习一下，并想着通过写条记的方式督促并记载本身的学习过程。
给本身的第一个使命是《Python for Bioinformatics》这本书，作者是Sebastian Bassi，是一位在软件开发和生物信息学研究方面拥有丰富经验的生物技能专家。
本书主要包罗三个部分共22章内容。

目次：

第一部分编程

第一章先容
第二章安装及开端了解python
第三章根本编程：数据结构
第四章流程控制
第五章文件处置惩罚
第六章代码模块化
第七章处置惩罚错误
第八章面向对象编程先容
第九章 Biopython 先容
第二部分高级主题

第十章网络应用
第十一章 Xml
第十二章 Python和数据库
第十三章正则表达式
第十四章 Python绘图
第三部分带有解释的Python源代码

第十五章批量序列操作
第十六章过滤载体污染的Web应用
第十七章使用Primer3探求pcr引物
第十八章从引物集盘算解链温度
第十九章从 GenBank 文件中过滤掉特定字段
第二十章推断剪切位点
第二十一章多重对齐网络服务器
第二十二章使用存储在数据库中的数据绘制标志位置
第一章、先容

1、使用本书

书上全部代码都放在了github上，可以下载下来，如果安装了Jupyter，可以使用Jupyter notebook打开运行，如许更加直观。
所在：https://github.com/Serulab/Py4Bio
2、为什么学习编程

盘算机上的许多工作都是重复性的，好比网络数据，转换文件格式，实行息争释BLAST效果等，编程能节流我们的精力，又能克制错误。
编程还可以实现个性化的图形，Web应用和数据库交互。

3、编程根本概念

先容根本概念，如指令，数据类型，变量。
一个简单的Python步伐：

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