安装和运行DeepTE时报错的办理办法

藏宝库编辑 · 2024-10-4 17:26:48

DeepTE是一款非常实用的转座子分类工具，一样寻常在跑完EDTA重复序列表明后可以运行一下DeepTE对unknown的转座子举行进一步分类。然而，我在安装这个软件时碰到了报错的环境，重要错误是不存在某个模块，或模块的版本不兼容，下面来具体说一说环境和办理办法
一软件安装方法

软件官网：https://github.com/LiLabAtVT/DeepTE
git clone https://github.com/LiLabAtVT/DeepTE.git
conda create  -n DeepTE
source  activate DeepTE
conda  install tensorflow-gpu=1 .14 .0 biopython keras=2 .2 .4 numpy=1 .16 .0 hmmer
source  deactivate
二我碰到的题目及办理办法

1.一开始运行不了，是python版本不对：我的python版本是3.9，而这个软件必要python3.6以上、3.8以下版本。
2.厥后创建了py36环境，但默认利用的python依然是3.9版本，利用代码alias python='/home/robert/mambaforge-pypy3/envs/py36/bin/python'办理
3.但由于未知的缘故因由，conda安装的模块报错。最后的办理思绪：利用pip安装干系模块。
代码：
conda create -n py36 python=3.6conda activate py36
alias python='/home/robert/mambaforge-pypy3/envs/py36/bin/python'
pip install biopython==1.72
pip install tensorflow==1.14.0
pip install sklearn==0.24.2
pip install numpy = 1.16.0
pip install keras==2.2.4
source activate py36
DeepTE.py -h

增补一个运行时碰到的错误：AttributeError: 'str' object has no attribute 'decode'
三直接谈办理方法

pip install 'h5py<3.0.0' -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
完善运行

安装和运行DeepTE时报错的办理办法

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