MacOS下安装velocyto.R

手机游戏开发者 · 2024-9-14 00:35:17

拟时序分析是单细胞测序高级分析之一，此中引用量最多的一是Monocle，其次就是velocyto。velocyto分为python版本和R版本，python版本用于分析得到上游loom文件，而R版本则用于卑鄙分析及可视化。不得不说，velocyto.R是我安装的全部R包中最为复杂的，花了一下战书去研究各个教程及github中各位大神的解答，终于在我的Mac M1中乐成加载。以下内容参考了多种泉源资料，如有侵权请接洽我删除，谢谢。
velocyto.R的安装语法

起首我参考了生信技能树的一篇帖子《在Mac大概Linux上面安装velocyto.R的乐成履历分享》，代码很简单：
remotes::install_github("velocyto-team/velocyto.R")

由于没有设置相应的语言环境，运行这段代码会出现报错，提示缺少boost文件体系

#ld: library not found for -lboost_filesystemboost安装

因此我们继承依照生信技能树的帖子的方法安装boost，即在Mac的终端中运行：
brew install boost

如果之前没有安装过Homebrew的话，这段代码在终端中是运行不了的，因此必要先安装Homebrew。关于Homebrew的简介、安装、卸载，看这篇帖子充足https://www.jianshu.com/p/de6f1d2d37bf。安装的代码如下，在终端中运行：

/usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"gcc编译器安装与文件路径修改

安装完Homebrew后，可以按照之前的代码安装boost，然后我们再继承生信技能树的帖子，在终端中运行以下代码：
new_gcc=/usr/local/gfortran/lib/gcc/x86_64-apple-darwin18/8.2.0sudo mkdir -p $new_gcc sudo cp -r /usr/local/Cellar/gcc/11.2.0_3/lib/gcc/11/* $new_gcc

这段代码的大抵意思是，在/usr/local/这个文件夹中创建一个gcc的目次，然后再将另一个文件夹中gcc的内容拷贝进来。但是我找了半天都没找到gcc在哪，反面搜刮才知道gcc是一个编译器，必要安装···代码如下：

brew install gcc在终端运行竣事后，你会发现安装的gcc版本是12.2.0，同时你还会发现gcc并不在usr/local/这个文件夹中，而是在opt/homebrew/Cellar/中，因此上述的文件路径必要改一下：
new_gcc=/usr/local/gfortran/lib/gcc/x86_64-apple-darwin18/8.2.0sudo mkdir -p $new_gcc sudo cp -r /opt/homebrew/Cellar/gcc/12.2.0/lib/gcc/12/* $new_gcc至此，第一个帖子的大抵内容到此，目标重要是将gcc编译器拷贝到velocyto.R调用的固定位置，再次运行：
remotes::install_github("velocyto-team/velocyto.R")

效果仍然报错，报错依然是boost环境没有搭建好。

修改Makevars文件

接着，去github中找答案https://github.com/velocyto-team/velocyto.R/issues/167，截图如下：

boost我们已经安装完成，记着它的版本号为1.76.0，在后续修改中有用。

紧接着在github中下载velocyto.R的包，然后解压，Makevars文件就藏在此中的src文件夹中，打开后举行修改R包调用boost的路径，留意修改此中的版本号：
CXX_STD = CXX11PKG_CXXFLAGS= $(SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS)PKG_CFLAGS=$(SHLIB_OPENMP_CFLAGS)PKG_LIBS=-lboost_filesystem -lboost_system -lstdc++ $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(SHLIB_OPENMP_CFLAGS) $(FLIBS) -L /opt/homebrew/Cellar/boost/1.76.0/lib/

修改完成后，如果按照帖子中的“install_github("ssun1116/velocyto.R")”是无法完成安装的，我们应该将修改后的文件重新打包，然后在当地安装：

devtools::install_local("/Users/myapple/Downloads/velocyto.R-master.zip") 末了

library(velocyto.R)

MacOS下安装velocyto.R

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