泛基因组分析流程ppsPCP

手机软件开发 · 2024-9-16 20:53:45

论文

https://academic.oup.com/bioinformatics/article/35/20/4156/5372683?login=false

ppsPCP: a plant presence/absence variants scanner and pan-genome construction pipeline

github主页
https://github.com/Zhuxitong/ppsPCP/tree/v1.0
依赖软件

mummer
blast
bedtools
blat
gffread
Bio:erl

这几个都可以用conda直接安装，但是mummer我这边conda照旧3.几的版本，以是后续使用会有报错，安装github主页的文档进行手动安装，Bio:

erl也可以通过conda安装
安装的命令是
https://anaconda.org/bioconda/perl-bioperl
conda install -c bioconda perl-bioperl都安装好后试着运行示例数据
perl ../bin/make_pan.pl --ref Zmw_sc00394.1.fa --ref_anno Zmw_sc00394.1.gff3 --query Zjn_sc00188.1.fa --query_anno Zjn_sc00188.1.gff3流程顺遂运行，结果怎么看还得研究
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泛基因组分析流程ppsPCP

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