进阶 | 本地「Docker」镜像转换为「Singularity」镜像，直接运行于任何服务

计算机软件开发 · 2024-9-24 15:43:00

写在前面

近期，构造了第三期暑期培训，想想也有四个年初。别的，分别给本科生和硕士生均分别讲过一学期的生物信息数据分析课程，此中实践部分，以往利用的是 VituralBox。利益在于可以完全模仿服务器环境，从硬件到软件。而欠好的地方在于，对应的环境险些只适合与学习或训练，无法直接利用到生产环境。
云云，纵然弟子把握得再纯熟，真正到生产环境时，也就是他们的服务器时，须要重新设置一次环境。只管，conda等方式已经比力方便，但照旧不敷方便。
基于此，我不停利用 docker 的想法。经过一年左右的预备，终于照旧下定决定利用 docker 环境作为弟子接洽。此举最大利益在于：

跨平台，无论是Windows、MacOS、Linux均可以直接利用
镜像可以迁徙到差别环境
盘算集群可以利用安装的 singularity 来利用 docker 镜像

有了这些为基础，只要弟子把握课程上的内容，那么课程干系镜像，完全直接用于他们个人电脑、服务器以致盘算集群上。
前述，关于 docker 已经做了不少介绍，感爱好的朋侪可以翻看往期推文。今次，重要介绍，怎样将自己创建的 docker 镜像转换为 singularity 镜像，以及转换之后，怎样利用。
docker 镜像转换为 singularity 镜像

预备一个本地的 docker 镜像

为了方便演示，起首，创建本地的 docker 堆栈服务（用的也是 docker），注意：如果是windows，那么须要在 wsl2 中安装好 docker 后实行。
sudo docker pull centos:7sudo docker run -it centos:7 #进入，exit可以退出环境#检察docker已有的镜像sudo docker images#REPOSITORY TAG    IMAGE ID    CREATED       SIZE#centos    7       eeb6ee3f44bd 9 months ago 204MB利用docker官方提供的registry镜像，搭建本地docker堆栈镜像服务

sudo docker pull registry#检察本地ipip addr#ip为127:0:0:1
在docker内设置实用的ip
sudo vim /etc/docker/daemon.json#增补以下信息/ 修改成个人的ip/ {"insecure-registries": ["127.0.0.1:5000"]}#重新启动dockersudo service docker stopsudo service docker start sudo docker info #检察下图
将本地的 docker 镜像上传到本地的 docker 镜像堆栈（有点绕，毕竟上，此处就是通过构建本地镜像堆栈来替换 hub.docker.com 官方提供的堆栈服务）
sudo docker run -d -p 5000:5000 -v /opt/data/registry:/var/lib/registry registry#检察是否建好堆栈sudo docker ps#设置上传镜像的tagsudo docker tag centos:7 127.0.0.1:5000/centos:7 #上传到本地堆栈sudo docker push 127.0.0.1:5000/centos:7 #检察堆栈的镜像curl http://127.0.0.1:5000/v2/_catalog利用 singularity 转换镜像为 docker 镜像

#从本地堆栈转化成sif镜像singularity build --no-https  mycentos.sif  docker://127.0.0.1:5000/centos:7云云，输出的 mycentos.sif 即可用于分发。到任何生产环境，服务器大概集群，只须要
#转成可写读的sandboxsingularity build --sandbox ./centos centos_centos7.9.2009.sif#进入centossingularity shell -w centos实例：导入xialab2022暑期培训docker镜像

根据上述的步调/先load -i 本地docker镜像后，再上传到本地堆栈，再被singularity转换为sif镜像文件。弟子只须要下载培训期间提供的scauclass.sif文件，即可用于个人服务器或集群
#转换为sandboxsingularity build --sandbox  ./scauclass  scauclass.sif#测试singularity run scauclass conda --help当然，大概须要注意的是暑期培训镜像有conda环境，险些全部软件都是创建在conda环境下。
接下来我们须要办理怎么调用scauclass镜像的conda环境？
singularity run scauclass conda info -e
是不可以或许直接激活，须要举行conda init

#进入scauclasssingularity shell -w scauclass#进入镜像Singularity> conda initSingularity> source .bashrc
接下来就可以随意玩耍了
conda activate xiasmallrna
接下来当然是查抄一下conda环境下的软件可行与否？

exitSingurlity 的上风：

在利用Singurlity过程下，险些是没有利用到权限。方便了集群平凡用户利用已经打包好的沙盒/镜像文件。Docker不管是安装、利用、修改都必须要有权限。
进入Singurlity 的环境，并没有封闭的空间。因此不须要提前映射本机路径，再进入环境。
没有容器的说法，只有可写的沙盒(sandbox)/不可写的镜像(sif)，便于传输分发。

写在末了

感觉不错，不停想折腾的变乱也确定可行了。

进阶 | 本地「Docker」镜像转换为「Singularity」镜像，直接运行于任何服务

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