【Linux】生物信息软件安装过程

计算机软件开发 · 2024-9-21 19:01:24

变量

表现变量值：echo $变量名变量名之前肯定要有$符号，echo才气将变量名更换成实际变量值。
PATH存放下令的查找方式，类似快捷方式。which检察下令的位置。
体系级设置文件：/etc/profile
用户设置文件：~/.bashrc
检察linux常见下令：man.linux【linux下令大全】
windows下检察环境变量：我的电脑-属性-高级体系设置

正式安装软件

1. Root安装

2.Conda安装

小炒：搜刮 “conda cheatsheet”
利益：

第三方软件齐备，安装方便。
多环境管理，克制软件辩说。
不须要root权限，可自由安装软件。

添加channel
channel是有序次的，一样平常保持bioconda在第一个，conda-forge在第二个。-defaults放末了。
创建软链接,相称于在桌面创建了快捷方式：ln -s
例：ln -s ~/miniconda3/envs/python2/macs2 ~/.local/bin
搜刮生信软件
https://bioconda.github.io/ -availiable packages
Tips

安装conda不要添加到环境变量，用source activate 启动。
家目次下创建路径opt存放软件，一个子目次为“syssoft”，存放体系软件；另一个子目次为“biosoft”，存放生物学软件。
家目次下创建路径src，用于存放源代码
Vim条件下，shift+g 跳到末了一行。
conda的另一种情势：mamba，也可以用来安装软件。

3.C/C++安装

二进制版本
以ncbi-blast,'sra-toolkit','hisat2'为例

下载相应版本的文件
解压缩
添加环境变量,使其在相对路径也可调用

vim ~/.bashrcexport PATH=$PATH:~/opt/biosoft/hisat2-2.1.0 #$PATH是提取当前环境变量source ~/.bashrc #运行

完成

预编译版本

以zlib为例，samtools依靠的软件。

下载并解压
设置作用：查抄体系，构建make file。

./configure --prefix=$HOME/opt/sysoft/ #第一步

编译

make #第二步make install #第三步tree的安装只需后两步，且末了一步的时间要做修改，记得去看Read me。
make install prefix=$HOME/opt/sysoft/三部曲解读：

configure 查抄体系，构建makefile。

如果没有root权限要办理软件依靠的标题：
https://www.jianshu.com/p/da92ca36a220
修改makefile的变量名

export CC="usr/bin/gcc"
./configure
make insatall prefix=$HOME opt/syssoft/
直接vim makefile，修改prefix

办理C语言编译标题
https://www.jianshu.com/p/7872d02694ea

4.Python 安装软件

python包软件管理工具

pip 从源代码举行编译安装。
conda 下载预编译代码解压安装

conda 安装deeptools
deeptools在python2下体现更好。

conda create -n python2 python2
conda activate python2
conda install deeptools

5.Perl 安装软件

安装链接：http://www.bio-info-trainee.com/2451.html
6.R安装软件

链接：
1.http://www.biotrainee.com/thread-144-1-1.html
2.http://www.bio-info-trainee.com/2092.html
7.JAVA安装软件

举两个例子：

trimmomatic 常用于处置处罚原始测序数据。
GATK 最突出的功能在variant calling
三步走战略：

下载
安装
运行：java -Xmx4G -jar XXX.jar parameters

参考：
bilibili：zhougengxu
https://www.bilibili.com/video/BV1JJ411p7fX?spm_id_from=333.337.search-card.all.click

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