信赖大家对GO和KEGG富集分析并不生疏,偶然候富集分析会得到很多显着的结果。全部展示,版面不敷。但是假如只展示前几个显着的GO条目或者KEGG通路的话,跟自己研究的对象相关的又不在内里。
本日小编就来资助大家办理这个尴尬的题目,把我们感爱好的GO条目和KEGG通路挑出来,然后再来绘图。有人大概要抬杠了,这不是伪造数据吗?NO,NO, NO, 我们挑选出来展示的结果肯定也要是显着的。我们没有窜改任何数据,只是把“最美”的一面展示给大家。假如你肯定要抬杠,我们也可以把完备结果放到附件内里。
关于DAVID这个工具,小编前面也用了好几期的内容来给大家先容。怎样使用DAVID做GO和KEGG富集分析,而且给大家演示了怎样使用Excel,零代码展示GO和KEGG富集分析的结果。
1.基因富集工具DAVID先容(一)-基因ID转换
2.基因富集工具DAVID先容(二)-KEGG富集分析
3.基因富集工具DAVID先容(三)-零代码展示KEGG富集结果
4.基因富集工具DAVID先容(四)-GO富集分析及柱形图展示
5.零代码GO富集分析—柱形图同时展示BP,MF,CC,KEGG
6.零代码GO富集分析—一张图展示BP,MF,CC
也给大家先容了,使用R语言来展示DAVID富集分析的结果。
☞【R】四种风格展示DAVID GO富集分析结果
☞ 【R语言】DAVID KEGG富集分析结果可视化
假如把上面的内容都理解了,展示部分结果就是手到擒来的事变。只必要三步
1)下载DAIVD富集分析完备结果
GO富集分析结果
KEGG富集分析结果
2)挑出自己感爱好的GO条目或者KEGG通路
这一步又有两种方法,第一种是做加法,从完备的结果内里挑出感爱好的结果,一般GO展示30条结果,MF,CC,BP各10条。KEGG一般展示10条结果。如许工作量比力小。别的一种方法是做减法,从完备结果内里删除不要的条目和通路。这里可以根据自己的喜好选择。确保挑选出来的结果格式跟原始结果格式是划一的。
3)采取Excel或者R来展示挑选出来的结果
采取Excel展示结果可以参考
☞基因富集工具DAVID先容(三)-零代码展示KEGG富集结果
☞基因富集工具DAVID先容(四)-GO富集分析及柱形图展示
☞零代码GO富集分析—柱形图同时展示BP,MF,CC,KEGG
☞零代码GO富集分析—一张图展示BP,MF,CC
使用R来展示结果可以参考
☞【R】四种风格展示DAVID GO富集分析结果
☞ 【R语言】DAVID KEGG富集分析结果可视化
我们也提供了完备的视频教程
☞DAVID举行GO/KEGG富集分析及结果可视化 |