小麦网页版分析KEGG和GO

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手机游戏开发者 2024-10-4 17:47:46 81 0 来自 中国
一、KEGG分析



通过这篇文章上的网站举行小麦的KEGG分析
Home - Plant Reactome Pathway Database (gramene.org)
1)点击analyze data

2.png 2)粘贴自己的基因名称数据

3)提交数据并举行分析

4.png 4)检察mapping到的基因,下载基因名称

5.png 5)将mapping基因重新粘贴提交后举行分析下载result

6.png 二、网页版GO分析

小麦网页版的GO分析有许多网址,这次紧张树模中国农业大学的孙其信老师团队郭伟龙老师公布的网站


TriticeaeGeneTribe - A homology database for Triticeae tribe (wheat, durum wheat, barley, and their relatives) (cau.edu.cn)
由于该网站应该是挂在学校的服务器下边,导致偶然间国家开会等事变访问会受限。包罗此中agrigo常常打不开也是由于这个问题。
1)点击GOenrichment

8.png 2)在2粘贴自己数据后点击3GO举行分析,得到结果后直接下载成CSV

以上KEGG和GO结果只是展示的终极表的情势,可以帮助检察自己的目标基因地点的KEGG和GO地点的term,必要自己按照自己的需求画图。比力了网页分析的KEGG和GO的结果,较大的克制了之前用emapper自己构建后举行分析发现大量的跟植物不相干的GOterm 和KEGG 的pathway。
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