序列比对软件 MUMmer 简朴上手（一）

源码 · 2024-9-5 17:23:04

MUMmer 4 是一个快速比对 DNA 或卵白序列的软件，最常用的 program 就是 nucmer 和 promer，分别是比对核苷酸和氨基酸序列的，接下来以 nucmer 为例具体先容。
安装

wget https://github.com/mummer4/mummer/releases/download/v4.0.0rc1/mummer-4.0.0rc1.tar.gz
tar -zxvf mummer-4.0.0rc1.tar.gz
cd mummer-4.0.0rc1
./configure --prefix=/path/to/installation
make
make install

简朴上手

取一个参考基因组 ref.fa，和另一个要与之比对的参考基因组 qry.fa 就可以上手举行比对了：

./nucmer -p <prefix> ref.fa qry.fa

上述下令，会天生如下文件：

<prefix>.delta

如果要检察比对的坐标，可以利用如下下令：

show-coords <prefix>.delta > <prefix>.coords

如果想要可视化，在安装了 gnuplot 的条件下，可以直接运行 perl 脚本 mummerplot，输入文件为第一步比对的效果文件：

./mummerplot -l <prefix>.delta

如果想要进一步相识该软件的利用，可以进一步阅读我写的其它分享；
序列比对软件 MUMmer 高级利用（二）
序列比对软件 MUMmer 效果文件解读（三）
序列比对软件 MUMmer 效果可读化处理处罚（四）
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序列比对软件 MUMmer 简朴上手（一）

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