论文
Whole-genome doubling drives oncogenic loss of chromatin segregation
https://www.nature.com/articles/s41586-023-05794-2#MOESM10
作图数据都有，论文中的图也很悦目，抽时间复现
本日的推文复现一下论文中的Figure 1e 三角热图
ggplot2可以或许做这种三角热图，但是怎么让热图的尖朝上，之前还没有实行过，根本思绪就是可以让整个图举行旋转，查了一下怎么让ggplot2团体旋转，许多都是借助grid包的语法来实现，但是grid的作图我还不是很理解，找了好长时间看有没有ggplot2的扩展包可以做，找到了一个参考链接
https://www.jianshu.com/p/802bdefa8feb
这里借助cowplot和ggplotify两个R包
一个简单的小例子
library(ggplot2)pp<-ggplot()+ geom_point(aes(x=1,y=1))+ coord_cartesian(clip = "off")ppcowplot::ggdraw()+ cowplot::draw_plot(ggplotify::as.ggplot(pp,angle = -45), width = 0.5,height = 0.5, hjust = -0.2, vjust = -0.5)然后用推文中的示例数据
此中一个小图的部分示例数据
读取数据
library(readxl)#install.packages("rlang")dat<-read_excel("data/20230327/Figure1d.xlsx")dat平凡三角热图
library(ggplot2)ggplot(data=dat,aes(x=x,y=y))+ geom_tile(aes(fill=log2(value)))+ coord_equal(clip = "off") -> pp
添加文本标签
library(tidyverse)dat %>% pull(x) %>% unique()p+ geom_text(data=data.frame(x=1:8,y=0:7,label=dat %>% pull(x) %>% unique()), aes(x=x,y=y,label=label),angle=90)+ theme_void() -> p1p1
在指定的地方添加线段
p1+ geom_path(data=data.frame(x=c(0.5,0.5,4.5,4.5,3.5,3.5,2.5,2.5,1.5,1.5,0.5), y=c(0.5,4.5,4.5,3.5,3.5,2.5,2.5,1.5,1.5,0.5,0.5)), aes(x=x,y=y), color="black",size=1)+ geom_path(data=data.frame(x=c(0.5,0.5,4.5,4.5,3.5,3.5,2.5,2.5,1.5,1.5,0.5)+4, y=c(0.5,4.5,4.5,3.5,3.5,2.5,2.5,1.5,1.5,0.5,0.5)+4), aes(x=x,y=y), color="black",size=1) -> p2p2更改配色
p2+ scale_fill_gradient2(low = scales::muted("red"), mid = "white", high = scales::muted("blue"), midpoint = 0)+ theme(legend.position = "none") -> p3p3添加一些额外的解释
p3+ annotate(geom = "segment",x=0.4,xend=0.4,y=0.5,yend=4.5, size=2,color="red")+ annotate(geom = "text",x=0.2,y=2.5,label="A",angle=45,size=5)+ annotate(geom = "segment",x=4.5,xend=8.5,y=8.6,yend=8.6, size=2,color="blue")+ annotate(geom = "text",x=6.5,y=8.8,label="B",angle=45,size=5) -> p4p4末了顺时针旋转45度
library(cowplot)ggdraw()+ draw_plot(ggplotify::as.ggplot(p4,angle = -45), width = 0.7,height = 0.7, hjust = -0.2, vjust = -0.1)+ annotate(geom = "text",x=0.5,y=0.2,label="Chromatin subcompartments") -> p5p5
末了再给添加一个图例
p2+ scale_fill_gradient2(low = scales::muted("red"), mid = "white", high = scales::muted("blue"), midpoint = 0)+ theme(legend.position = "bottom")+ guides(fill=guide_colorbar(title.position = "top", title.hjust = 0.5,barwidth = 20)) -> p3.1p5+ annotation_custom(grob = ggpubr::get_legend(p3.1), xmin = 0.1,xmax=0.9, ymin=0.1,ymax=0.2)不绝会有提示信息
还可以拼图
library(patchwork)p6+p6示例数据和代码可以给推文点赞，然后点击在看，末了留言获取
欢迎大家关注我的公众号
小明的数据分析条记本
小明的数据分析条记本 公众号 重要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相干转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读条记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习条记！
微信公众号似乎又有改动，假如没有将这个公众号设为星标的话，会常常错过公众号的推文，个人发起将 小明的数据分析条记本 公众号添加星标，添加方法是
点开公众号的页面，右上角有三个点
点击三个点，会跳出界面
直接点击 设为星标 就可以了 |
