重测序分析（18）GWAS分析实操（4）gwas_tassel_mlm

混淆线性模子MLM：GLM模子中，假如两个表型差别很大，但群体本身还含有其他的遗传差别（如地域等），则那些与该表型无关的遗传差别也会影响到相干性。MLM模子可以把群体结构的影响设为协方差，把这种位点校正掉。别的，材料间的公共先人关系也会导致非连锁相干，可到场亲缘关系矩阵作为随机效应来改正。

数据准备

表型数据：sample.table
Q矩阵：snp.3.Q
vcf文件：all_snp.vcf
参考脚本

计算亲缘关系矩阵

run_pipeline.pl -Xms512m -Xmx50g  \ #设置内存大小-importGuess ./all_snp.vcf  \ #输入文件-KinshipPlugin -method Centered_IBS -endPlugin \#计算亲缘关系矩阵-export kinship.txt  \#输出文件id-exportType SqrMatrix  #输出文件的格式基于mlm模子举行GWAS分析

run_pipeline.pl -Xms512m -Xmx50g \ #设置内存大小  -fork1 -vcf ./all_snp.vcf \#vcf文件  -fork2  -t sample.table \#表型数据  -fork3 -q  snp.3.Q  -excludeLastTrait \ #Q矩阵  -fork4 -k kinship.txt  \ #亲缘关系矩阵  -combine5 -input1 -input2 -input3 -intersect \#整合输入文件  -combine6 -input5 -input4 -mlm \#mlm分析  -mlmVarCompEst P3D -mlmCompressionLevel  None\ #标准模子分析  -export mlm_output  #输出结果结果文件

mlm_output1.txt
mlm_output2.txt
mlm_output3.txt
mlm_output4.txt
画图

画图脚本与上篇gwas模子一致

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