Miniconda3的安装、设置和利用

Conda是开放源代码的软件包管理体系和情况管理体系。miniconda是Conda的精简版本，我们一样寻常利用miniconda举行生信上游流程软件的安装。
相比于其他软件下载方式，其上风在于能简朴快捷下载软件及其所需的依赖情况，而且为每个流程创建单独的情况，制止软件之间大概引起的辩论。

Conda官网：Conda — Conda documentation


本例中利用的为windows子体系——Ubuntu，其下载和设置见Windows子体系的体验与设置——Ubuntu-22.04 - 简书 (jianshu.com)
1. miniconda3的下载安装

• 切换到安装位置（一样寻常为主目次~）， 从中科大镜像下载最新的miniconda3，bash启动安装，不停enter、yes就可以了。
  

wget https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh#wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.shbash  Miniconda-latest-Linux-x86_64.sh

• 若想寻常不在conda情况，则须要将.bashrc文件中的conda设置内容解释 。
  寻常在~/miniconda3/bin/下实行 source activate就可利用conda了。
  更便捷的方法是在~/.bashrc 下添加 ：
  

alias condaac='source ~/miniconda3/bin/activate' 设置后利用condaac下令就可以快捷地激活conda情况了


2. 设置conda镜像源

依次输入以下下令设置软件镜像源，并展示镜像源地址，一样寻常设下载地址为清华，也可以选择其他。留意，要用 bioconda 源，必须先设置 conda-forge 源，而且 conda-forge 源优先级是最高的
清华：anaconda | 镜像站利用资助 | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua Open Source Mirror
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/conda config  --set show_channel_urls yes北外镜像：
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/r/conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/conda config  --set show_channel_urls yes中科大：
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/proconda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/rconda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/freeconda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/mainconda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/biocondaconda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forgeconda config  --set show_channel_urls yes其他一些下令：
conda config --show channels                              #体现镜像源conda config --show-sources                               #体现镜像源conda config --remove channels  https://***              #删除镜像源3. 创建流程情况

• 创建rna流程情况，指定python版本为3，同时下载sra-tools 软件
  

conda create -n rna_p3 python=3 sra-tools               conda env list                                      #查察情况conda activate rna_p3                               #进入conda 情况conda deactivate                                    #退出当前conda情况

• 如果想重定名情况：先新建clone再举行删除
  

conda create -n rna --clone rna_p3conda remove -n rna_p3 --all4. 软件的下载管理

conda安装包在线查询  https://anaconda.org/
conda install （-y）软件名            # 安装软件conda install 软件名=版本号           # 安装特定版本软件conda search 软件名                   #搜刮软件conda list                           # 列出已安装软件conda update  软件名                   #更新软件 conda remove 软件名                   #卸载软件5. 在脚本中切换conda情况

若想在脚本中切换conda情况，脚本内容如下，脚本实行完后会主动退回当前情况
  source  ~/miniconda3/bin/activate  rna_p3  python --version  conda info --envs  #####下令  python --version  conda info --envs大概先在脚本实行source ~/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh，再利用conda下令
6.  情况迁移：导出安装包列表成为yaml文件

如果想要迁移情况中的安装包到其他盘算机上，可以导出yaml文件
conda env export --file rna_p3_env.yaml --name rna_p3conda env create -f rna_p3_env.yaml参考资料：
conda的安装与利用（2021-04-27更新） - 简书 (jianshu.com)
bioconda channel设置 - 简书 (jianshu.com)
【生信技能树】转录组测序数据分析_哔哩哔哩_bilibili